目前使用斑馬魚進(jìn)行的研究非常廣泛，涵蓋多個(gè)領(lǐng)域。已經(jīng)在發(fā)育生物學(xué)、腫瘤學(xué)、毒理學(xué)、生殖醫(yī)學(xué)、畸形學(xué)、遺傳學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、環(huán)境科學(xué)、細(xì)胞學(xué)、再生醫(yī)學(xué)和進(jìn)化理論等領(lǐng)域取得進(jìn)展。

基因表達(dá)

由于斑馬魚的生命周期較短、可控性強(qiáng)，故常被用作遺傳學(xué)研究的模型動(dòng)物。基因敲降（knockdown）和用反義嗎啡啉（morpholino）進(jìn)行修改RNA剪接是常用的反向遺傳學(xué)技術(shù)。人工合成的高分子嗎啡啉基寡核苷酸包含與DNA、RNA相同的核苷；通過(guò)與互補(bǔ)序列結(jié)合，他們可以減少特定基因的表達(dá)或者阻礙其它RNA上進(jìn)行的過(guò)程。

轉(zhuǎn)基因斑馬魚構(gòu)建

轉(zhuǎn)基因是一種研究斑馬魚基因的功能的常見手段。通過(guò)使用Tol2轉(zhuǎn)位子體系的方法，構(gòu)建轉(zhuǎn)基因品種斑馬魚尤其容易。

癌癥研究

斑馬魚被用來(lái)生產(chǎn)包括黑色素瘤、白血病、胰腺癌和肝細(xì)胞癌等癌癥研究時(shí)使用的轉(zhuǎn)基因模型。表達(dá)突變的BRAF或NRAS癌基因的斑馬魚模型在置于缺乏腫瘤蛋白（p53）的背景下會(huì)得上黑色素瘤。在組織學(xué)上，這些腫瘤高度類似于人類疾病，是可移植入人體的，并且展現(xiàn)了大范圍的基因組變化。在另外一項(xiàng)研究中，這一模型被用來(lái)研究人類黑色素瘤中擴(kuò)增和過(guò)表達(dá)的基因的功能作用。SETDB1基因能在斑馬魚體內(nèi)顯著地加速腫瘤生成，從而顯示了其作為致癌基因的性質(zhì)。這一點(diǎn)尤為重要，因?yàn)槟壳耙阎猄ETDB1參與了表觀遺傳調(diào)控，而表觀遺傳調(diào)控越發(fā)地被認(rèn)為是腫瘤細(xì)胞生物學(xué)的核心。

藥物研發(fā)

如同在許多進(jìn)行中的研究項(xiàng)目所演示的那樣，斑馬魚模型使得研究者不僅能夠識(shí)別除引發(fā)人類疾病的基因，也可以用來(lái)在藥物開發(fā)項(xiàng)目中開發(fā)新的治療藥劑。斑馬魚胚胎是一種快速、性價(jià)比高且可靠的致畸檢驗(yàn)?zāi)Ｐ汀Ｊ褂冒唏R魚進(jìn)行藥物篩查可以識(shí)別具有生物學(xué)療效的新的化合物種類，或者發(fā)現(xiàn)已知藥物的新用途。例如一種常用的劑（瑞舒伐他?。┩ㄟ^(guò)斑馬魚試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)可以控制前腺癌的生長(zhǎng)。目前已經(jīng)進(jìn)行過(guò)多項(xiàng)小分子篩查，其中部分已經(jīng)進(jìn)行臨床試驗(yàn)。

心血管疾病

在心血管研究領(lǐng)域，斑馬魚被用來(lái)模擬凝血、血管新生、心臟衰竭、心臟瓣膜異常和先天性心臟病方面的研究。

免疫系統(tǒng)

研究急性炎癥中，研究人員已經(jīng)建立了炎癥研究的斑馬魚模型以及相關(guān)處理機(jī)制，使得研究人員能對(duì)炎癥的遺傳控制機(jī)制進(jìn)行細(xì)化研究，并且有可能以此識(shí)別有潛力的新藥物。斑馬魚在研究脊椎動(dòng)物的固有免疫方面是廣泛使用的模式生物（固有免疫能夠在受精后28～30小時(shí)內(nèi)進(jìn)行吞噬作用，吞噬作用是免疫反應(yīng)的重要一環(huán)）。與之對(duì)比，適應(yīng)性免疫（也稱特異性免疫、獲得性免疫、后天性免疫）在受精后至少四周才能在功能上達(dá)到成熟狀態(tài)。

再生能力

斑馬魚在幼魚階段能夠再生其鰭、皮膚、心臟、體側(cè)線的毛細(xì)胞以及大腦。在2011年，英國(guó)心臟基金會(huì)（British Heart Foundation）廣告宣傳以公布其將這項(xiàng)能力應(yīng)用于人體的企劃。

斑馬魚也被發(fā)現(xiàn)可在創(chuàng)傷后再生感光細(xì)胞與視網(wǎng)膜神經(jīng)。目前研究顯示，這是由米勒細(xì)胞（Muller glia）的去分化與增殖介導(dǎo)的。研究人員不斷截?cái)啾成弦约案姑嫔系奈馋?，并且分析其再生以觀測(cè)其突變。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，組蛋白去甲基化酶（Histone methylation）在截肢部位出現(xiàn)，使得斑馬魚的細(xì)胞重新活躍為可再生的類似于干細(xì)胞的狀態(tài)。2012年，澳大利亞科學(xué)家發(fā)布的一項(xiàng)研究表明，斑馬魚使用一種被稱為成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子的特異的蛋白質(zhì)以確保其脊髓可以痊愈而無(wú)膠質(zhì)瘢痕（glial scar）。此外，斑馬魚后側(cè)體側(cè)線的毛細(xì)胞被發(fā)現(xiàn)可以在創(chuàng)傷后或者發(fā)育中斷后再生。對(duì)其再生期間基因表達(dá)的研究使得若干重要的信號(hào)通路得以被識(shí)別出來(lái)，例如Wnt信號(hào)通路和成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子等。

視網(wǎng)膜損傷

斑馬魚的另一顯著特征在于其擁有四種視錐細(xì)胞，除人體內(nèi)擁有的紅色、綠色、藍(lán)色敏感視錐細(xì)胞外，擁有紫外線敏感細(xì)胞。斑馬魚因此可以看見非常廣的色譜。故斑馬魚也被用于研究視網(wǎng)膜的發(fā)育，尤其是視錐細(xì)胞如何在視網(wǎng)膜中形成鑲嵌方面。斑馬魚和一些真骨類魚類以其視網(wǎng)膜上的視錐細(xì)胞鑲嵌排列備受科學(xué)家關(guān)注。倫敦大學(xué)學(xué)院的研究人員培養(yǎng)出一種成年斑馬魚干細(xì)胞，這些干細(xì)胞在斑馬魚和哺乳動(dòng)物的眼睛中被發(fā)現(xiàn)，且會(huì)發(fā)育成視網(wǎng)膜神經(jīng)。這些細(xì)胞可以注射進(jìn)入眼部，用于治療損壞視網(wǎng)膜神經(jīng)的疾病，此類疾病涵蓋大部分眼疾，包括黃斑部退化、青光眼、糖尿病相關(guān)失明等。研究人員研究了人眼中的Müller細(xì)胞，其研究對(duì)象年齡從18個(gè)月大到91歲。研究中，科研人員能夠?qū)⑦@些細(xì)胞培養(yǎng)為所有種類的視網(wǎng)膜神經(jīng)細(xì)胞。研究團(tuán)隊(duì)在實(shí)驗(yàn)室可以輕松地培育這些細(xì)胞，并且還將培育出的干細(xì)胞移植進(jìn)入大鼠視網(wǎng)膜中對(duì)周圍的神經(jīng)進(jìn)行觀察，研究人員稱這些干細(xì)胞試圖以與在人體內(nèi)相同的方式發(fā)育。

環(huán)境監(jiān)測(cè)

研究人員修改了斑馬魚的基因，使得其能夠用于探測(cè)水體中的雌激素污染，這一污染被認(rèn)為與男性不育有關(guān)。研究人員克隆了對(duì)雌激素敏感的基因，將之注入斑馬魚的受精卵中，得到的轉(zhuǎn)基因魚會(huì)在感知污染時(shí)變綠。

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